Монастырь св. Пантелеимона построен в небольшой бухте на юго-западе Святой Афонской Горы, между пристанью Дафни и монастырем Ксенофонт. Русские на Афоне присутствуют с XI в. Первый русский монастырь на Святой Горе – Ксилургу (греч. – древодел), с храмом в честь Успения Богоматери. Сегодня это одноименный скит. С его строительства в 1016 г. и началась история русского монашества на Афоне. В XII в. (1169 г.), в связи с увеличением русской братии, Протат дает им монастырь Фессалоникийца – во имя великомученика Пантелеимона. Ныне – это Старый, или Нагорный, Русик.
Здесь принял постриг св. Савва, будущий архиепископ Сербский.
В 1803 г. русские переселились на берег моря, на то место, которое указала Сама Божия Матерь.
При иеросхимонахе Иерониме Пантелеимонов монастырь достиг всестороннего расцвета и был воздвигнут на такую высокую степень духовного преуспеяния, что стал образцом для других обителей. Иеросхимонах Иероним (Соломенцев; † 1885) – великий старец, подвизавшийся на Афоне в XIX в., духовник и ктитор-обновитель, имевший большое влияние на святогорскую жизнь в целом. Он поселился в Русике в сентябре 1840 г., позже был назначен духовником братии, которой поначалу насчитывалось не более двух десятков человек. А в 1885 г. здесь собралось уже более 800 иноков. Иеросхимонаха Иеронима по праву считают возобновителем и устроителем жизни русского монашества на Афоне в XIX в. Благодаря его духовному руководству и разносторонней деятельности стали возможным невиданный ранее духовный и материальный расцвет Пантелеимонова монастыря и прочность положения русских на Святой Горе. Всего за годы жизни отца Иеронима монастырь построил и восстановил около 60 принадлежавших ему храмов. Его попечением были восстановлены многие монастырские постройки, снабжены новой церковной утварью храмы и параклисы, завершено строительство многих сооружений, расписан и снабжен иконостасом Пантелеимонов собор, построены новые храмы во имя святителя Митрофана Воронежского и Покрова Пресвятой Богородицы, придельный Покровскому Александро-Невский храм, Покровский братский корпус, расширена и расписана самая большая на Афоне трапезная. При нем стали действовать типография, иконописная школа и фотолаборатория, в Старом Русике был построен большой братский корпус с тремя параклисами, заложен новый собор во имя великомученика Пантелеимона. В это время монастырь снабжал продуктами около тысячи русских иноков-бедняков и всех неимущих на Афоне.
На огромной фотографии, висящей на стене слева у входа в Святые врата Пантелеимонова монастыря, запечатлен ряд нищих, которые подходят к монаху и получают из его рук хлеб. Выгравированное фото является увеличенной копией черно-белой фотографии, чудесным образом запечатлевшей в рост Пресвятую Богородицу. Это произошло 21 августа (3 сентября) 1903 г., когда Протат запретил Пантелеимонову монастырю подавать милостыню нищим, решив, что монастырь превращается в какую-то богадельню. Игумен благословил в последний раз подать милостыню нищим, а иноку Гавриилу сфотографировать это. И вот, когда сняли и проявили стеклянную пластинку, оказалось, что от этого монаха, подающего милостыню, отходит плачущая Богородица, вся объятая пламенем. Оригинал самой фотографии находится в монастырской канцелярии. В воспоминание сего чуда в монастыре написан образ Божией Матери «Светописанный», составлена праздничная служба, которая через сто лет введена в обиход монастырского богослужения.
Главный собор монастыря, посвященный великомученику Пантелеимону, заложен в 1812 г. по типу древних афонских храмов и освящен в 1815 г.
В алтаре, в драгоценном ковчеге, хранится главная святыня обители – глава великомученика Пантелеимона.
От чудотворной иконы св. Пантелеимона, находящейся в Пантелеимоновском соборе, было следующее чудо: образ светлыми лучами указал на виновников возмущения спокойствия в монастыре.
В обители много святынь, среди которых: части Древа Креста Господня; стопа ап. Андрея; главы: безсрр. Космы и Дамиана Римских, прп. Силуана Афонского, прмч. Стефана Нового, прмчч. Афонских Игнатия, Евфимия и Акакия, прмц. Параскевы Римской; часть главы ап. Луки; части мощей: св. Иоанна Предтечи, ап. Фомы, вмц. Марины, прав. Иосифа Обручника, прп. Симеона Столпника, вмчч. Георгия Победоносца, Димитрия Солунского, Феодора Тирона, Иакова Персянина, мчч. Кирика, Маманта, Трифона, Никиты, сщмч. Харалампия, прп. Исаакия Далматского, свт. Иоанна Милостивого, Трех святителей; десница прав. Иоанна Русского и мощи многих других святых.
Второй собор — Покрова Пресвятыя Богородицы. В нем находятся чудотворные иконы: Божией Матери «Иерусалимская», вмч. Пантелеимона, а также другие святыни обители.
Икона Божией Матери «Иерусалимская» находится в спускном киоте над царскими вратами. Спускается она на широкой бархатной ленте, по которой вышит тропарь иконе Божией Матери. Этот образ написан в Троицкой Кривоезерской пустыни иеродиаконом Никоном (в схиме – иеромонах Нил) в 1825 г. и послан им в дар Русскому Пантелеимоновскому монастырю. На Всенощных бдениях на Богородичные праздники и в воскресные дни, по окончании вечернего богослужения, эта святая икона с подобающей честью спускается перед царскими вратами, и перед ней читается акафист, по окончании которого братия, по чину, подходят к образу и, пожив земные поклоны, благоговейно лобызают Изображенную на нем, испрашивая материнского Ее предстательства пред Престолом Сына Своего и Бога.
Чудотворная икона вмч. Пантелеимона, находящаяся в Покровском соборе, очень древняя. Первоначально она находилась в Старом Русике. Когда же этот монастырь стал приходить в ветхость, то братия в конце XVIII в. стала вынужденно перебираться на берег моря в небольшую Вознесенскую обитель, находившуюся при монастырской пристани, на месте нынешнего Пантелеимонова монастыря. Переселяясь, иноки несколько раз переносили туда и эту икону великомученика, но всякий раз она чудесным образом переносилась обратно в Нагорный монастырь. По устроении же нынешней Пантелеимоновой обители этот образ, изволением Божиим, постоянно уже пребывает в ней на утешение братии. Икона эта находилась прежде в соборном храме вмч. Пантелеимона и была перенесена в Покровский собор при его освящении в 1853 году.
Третий замечательный в обители храм – во имя свт. Митрофана Воронежского и параклис, или меньший храм Успения Пресвятыя Богородицы.
Кроме этих храмов, в монастыре есть параклисы: Вознесения Господня, Рождества Пресвятой Богородицы, свв. Архангелов, св. Иоанна Предтечи, свв. Иоакима и Анны и св. Иосифа Обручника, Архангела Михаила, свт. Николая Чудотворца, вмч. Димитрия Солунского, свв. Константина и Елены, прп. Саввы Освященного, равноапостольных кн. Владимира и кн. Ольги и блгв. кн. Александра Невского, прп. Сергия Радонежского, Святителей Московских, Архангела Рафаила, свт. Феодосия Черниговского и прп. Серафима Саровского, прпп. Герасима Иорданского и Иеронима Стридонского, в честь всех Святых Афонских, Петро-Павловский и Всех Святых (на братском кладбище), прор. Илии, прп. Силуана, св. Еввулы, всех Святых Русских государей.
Вне монастырских стен, на морском берегу, фасадом в сторону Афонской вершины, воздвигнут 5-этажный Преображенский корпус с тремя храмами: Преображения Господня, ап. Иоанна Богослова, прп. Макария Великого, и гостиницей для паломников, называемой на Афоне – архондариком.
Севернее Преображенского корпуса выстроены в несколько этажей помещения с келиями для тех насельников, кто трудится в расположенных тут же кожевенной, слесарной, кузнечной и других мастерских. Там же в XX в., в качестве эконома, нес свое послушание преподобный Силуан Афонский (память 24 сентября), в распоряжении которого было около 200 человек. На побережье находятся добротные постройки, где складировали мешки с зерном и разную хозяйственную утварь.
На морском берегу располагаются монастырские огороды, где построен небольшой храм сщмч. Харалампия, а на пологой возвышенности по дороге в сторону Нагорного Русика обозреваются расположенные там два мельничных здания, одно из которых знаменито тем, что здесь тоже проходил послушание преподобный Силуан.
К началу XX в. на Афоне подвизались около 4800-5000 русских иноков, в то время как греческих насельников было около 3900-4000 чел. В Андреевском скиту – около 500, в Ильинском скиту – около 300 чел. Русским келлиотам (ок. 1200 чел.) принадлежало свыше 70 афонских келий (небольших монастырей без самостоятельности в управлении).
После 1917 г. монастырь, особенно в 20–30-е годы, испытывал значительные материальные затруднения. Почти все его мастерские и промыслы, в том числе и больница, пришли в упадок. Из-за скудости и частых болезней число братии постепенно убывало, в год умирало до 50 человек, а число русских иноков на Афоне уменьшилось до 215 человек.
Огромный урон нанес монастырю опустошительный пожар, случившийся 23 октября 1968 г., когда выгорела не только больница, но и вся восточная часть монастыря с шестью параклисами.
Близ монастыря на горке находится так называемая «гробница» – усыпальница с церковью свв. Апостолов Петра и Павла и параклисом Всех святых, где покоятся братья, переселившиеся от этой временной жизни в вечную.
Трапезная обители была расширена в 1861 г. и вмещает до 800 чел. Колокольня с часами построена в 1893 г.
Монастырская библиотека, которая во времена расцвета монастыря была одной из самых крупных на Афоне, содержит 1320 греческих и 150 славянских рукописей и более 20 тыс. книг на греческом, русском и других языках.
Пантелеимонов монастырь сейчас греки называют зеленым из-за покраски его куполов («Прасини мони» – «Зеленый монастырь»).
Обители принадлежат 5 келий: прп. Евфимия, свв. Космы и Дамиана, Живоносного Источника, первомуч. Стефана и вмч. Георгия (две последних расположены в Карее; в келии вмч. Георгия находится представительство монастыря при Киноте).
Также Пантелеимонову монастырю принадлежат скит Ксилургу или, как его называют на Афоне, «Богородица» (неподалеку от монастыря Пантократор), пустынные скиты «Новая Фиваида» и Кромица, а также Старый Русик.
9/8 (27/7) Святой Пантелеимон — престольный праздник монастыря,
14/10 (1/10) Покров Богородицы,
Вторник Светлой Седмицы — литания (крестный ход) с местночтимой иконой.