Афонский климат достаточно мягкий — субтропики. Зима в основном дождливая, а лето жаркое. Иногда на горе выпадают снега, но держатся недолго и быстро тают. Практически весь Афон покрывает богатая растительность. Здесь можно встретить хвойные, каштановые, дубовые леса и разнообразные кустарники.
Насельники Святой Горы занимаются садоводством. На Афоне много цитрусовых деревьев, яблонь, груш, грецких орехов, плантации виноградников и оливковых деревьев.